現在、公益法人は明治29年の民法制定にはじまり、国と都道府県が所管する財団法人、社団法人は現在では、全国に約２万５千団体あります。その後、民間非営利部門の一層の発展を促進し民による公益の増進のため、制度の抜本的な改革がされ、平成18年5月に公益法人改革関連三法※が成立し平成20年度から公益法人の新制度が施行されました。

同制度では、これまで主務官庁の裁量に委ねられていた設立・運営が、一般法人は要件を満たせば登記のみで設立ができる一方、民間有識者による合議制の機関で基準に満たしていると判断され公益認定が認められる法人は公益法人となります。

※関連三法

• 「一般社団及び財団法人に関する法律（法人法）」
• 「公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（認定法）」
• 「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（整備法）」

公益財団法人では、公益目的事業への非課税・税控除など優遇措置を受けることができますが、(1)安定的で継続的な公益目的事業を実施する経理的基礎や技術的能力　(2)特別の利益を与える行為を行わない　(3)収支相償（その事業の収入が必要な費用を超えない）が求められます。さらに(4)公益事業目的比率が50％以上　(5)有休財産額は制限以下　などの厳しい条件をクリアーし、移行後も公正で自主自律的な運営はもとより認可官庁による厳しい監督が行われます。

現在の各法人は、平成20年12月の新法施行により特例民法法人に全て移行しておりますが、平成20年12月から平成25年11月末までの5年間に、公益社団法人・公益財団法人もしくは、一般社団法人・公益財団法人に移行する必要があります。